漂浮育苗设施及环境是病原体的主要来源，因此，营造一个清洁卫生的育苗环境和管理环境，是培育无病漂浮壮苗的根本保证。这就要求育苗前重点做好以下消毒工作：
重点之一，育苗场地严消毒。方法是先锄草炕晒几天，以充分利用阳光刹死部分病虫源，再撒上适量生石灰或喷打育宝消毒。这样，可确保育苗环境洁净。
重点之二，苗池消毒要仔细。新建苗池，在支砌池子前先翻晒煤渣砖。已建池子或新建池子支砌完毕后，要用石灰水对砖缝进行浇淋消毒，池底喷打敌百虫防虫，铺上垫膜后放入的池水要用漂白粉进行消毒。
重点之三，旧漂盘消毒要彻底。育苗盘中残留的根系和基质比较容易带病毒病，特别是曾经发生过病毒病的育苗盘中残留的根系和基质。因此，在烟苗移栽后及时洗去苗盘上残留的根系和基质再堆放保存。消毒济可选用二氧化氯、育宝和10％的漂白粉溶液，消毒时先将漂盘浸在消毒液中２～３分钟，再放到清水中洗去，取出后放在干净的塑料膜上，用塑料膜密封7天以上。